1．CD治疗的目的是控制发作，维持缓解。由于治疗时间长，应注意长期用药的不良反应。
2．确定CD的诊断：
从国情出发，应尽量排除"有因可查"的感染性肠炎、肠道淋巴瘤、Behcet病及缺血性结肠炎等；与肠结核混淆不清时，应先按肠结核作诊断性治疗l～3个月，观察疗效；拟诊为CD者，可按CD的原则处理。
3．掌握分级、分期、分段治疗的原则。
分级治疗指确定疾病严重度，按轻、中、重不同程度采用不同药物及治疗方法；分期治疗指活动期以控制症状为主要目标，缓解期则应继续控制发作，预防复发。应使用CDAI确定病期和评价疗效；分段治疗指根据病变范围选择不同药物和治疗方法，肠道CD一般分为小肠型、回结肠型和结肠型等。
4．参考病程和过去治疗情况选择药物、确定疗程及治疗方法，以尽快控制发作，防止复发。
5．注意疾病的并发症及患者的全身情况，确定适当的治疗终点及内、外科治疗界限，提高患者的生活质量。
6．除新的药物治疗外，还包括支持、对症、心理治疗及营养治疗的综合应用；对具体病例则十分强调个体化的处理原则。
