先天性心脏病的种类很多，如小型室隔缺损、房隔缺损、动脉导管未闭等。这些先天性心脏病早期都不至于出现心功能改变，因此预防接种不会对他们产生严重影响。相反，这些儿童因为心脏有缺陷，所以比健康儿童更易感染疾病，而且一旦感染疾病也较难治愈，因此更应该预防接种。只有那些青紫型先天性心脏病（如青紫四联症或其他复杂畸形），或已经出现心功能障碍的先天性心脏病患儿，才不能打预防针，但口服脊髓灰质炎糖丸疫苗还是安全的。
