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怀孕40天不能做亲子鉴定。亲子鉴定是一项检测，主要用于比较孩子的DNA序列和父母的DNA序列，来确定孩子是否与某一位父母亲有血缘关系。但是，在怀孕40天时，孩子的DNA序列还没有形成，无法进行亲子鉴定。如果想要做亲子鉴定，更早可以在怀孕第10周（70天）时进行，因为此时孩子的DNA序列已经形成，可以进行检测。

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