如果医生怀疑病人患鼻咽癌，则需要行鼻咽病灶活检，这是确诊重要的手段。鼻咽镜检查包括间接鼻咽镜和纤维鼻咽镜，可见到鼻咽顶后壁、侧壁、后鼻孔、鼻腔后部、咽鼓管及软腭的背面等，在可疑区域咬取组织检查。

鼻咽部活检通常在内镜室进行，一般行局麻。如需对颈部淋巴结及其他表浅肿块切除活检应通常在头颈外科进行。得到标本后，病理学家在显微镜下检查并寻找肿瘤细胞，必要时进一步做免疫组化检查得以明确诊断。

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